V Tajemství megalitů se Jan Hnilica vydává na složitou cestu za poznáním toho, co věda pomíjí buď zcela, nebo čeho se jenom z povzdálí dotýká. Autor analyzuje spirituální a informační poslání dávných tvůrců. V průběhu svého bádání nalézá souvislosti mezi podstatou staveb a mnohými přírodovědnými i duchovními zákonitostmi, jež ovládají náš svět.