Ústrednou postavourománu Atómy boha je lekár Karol Zurian, ktorý pracuje v pražskej nemocnici, kde sa pokúša vynájsť liek na pohlavnú chorobu. Zurian čelí neprajnosti kolegov, vlastným kariérnym ambíciám, ale aj komplikovanej láske partnerky, ktorú nazýva Medúza.Vámošov román vychádza z jeho lekárskych skúseností, ale aj z jeho filozofickej koncepcie, tzv. princípu krutosti: Zuriana sa totiž snaží naprávať krivdy spôsobené nemilosrdným Bohom, ktorý na ľudstvo zoslal rôzne choroby a kochá sa v ich utrpení.